St. Ursula in der Zeit der Reformation

Das gute Verhältnis von Kloster und Stadt erlebte während der Reformationszeit einen Wandel. Als der Rat der Stadt am 22. Juli 1534 Kirchen und Kapellen schloß, kam es St. Ursula rettend zugute, daß der Bischof 1394 Schutz und Schirm sich vorbehalten hatte. Damit blieben die dem Bischof unterstehenden Kirchen Dom, St. Moritz, St. Ulrich, St. Peter, St. Georg, Heilig Kreuz, St. Stephan und eben St. Ursula zunächst verschont.

Am 17. Januar 1537 stellte der evangelische Rat die verbliebenen Mönche und Nonnen vor die Wahl, "sich entweder der städtischen Obrigkeit zu unterwerfen, evangelisch zu werden, das Bürgerrecht anzunehmen oder auszuwandern". Für acht Stifte und Klöster begann damit eine bis 1548 dauernde Exilzeit.

Die zehn Schwestern von St. Ursula zogen nach Dillingen und lebten dort 10 Jahre bei den Franziskanerinnen und über ein Jahr in einem eigenen Haus. Am 30. August 1548 kehrten drei alte Schwestern mit sechs Anwärterinnen nach dem militärischen Sieg Kaiser Karl V. über die Protestanten ins verwaiste Kloster zurück.